۱۶۵ روز پس از کشته شدن علی خامنهای، شهردار تهران به خبرگزاری دانشجو گفت در روز نهم اسفند، یک موشک به طور مستقیم به خانه مجتبی خامنهای اصابت کرده است. به گفته علیرضا زاکانی، رهبر جدید و همسرش در حال خروج از خانه بودند که در جریان این حمله، مجتبی خامنهای مجروح و همسرش کشته شده است.
محمدجواد اکبرین، عضو تحریریه ایراناینترنشنال، با اشاره به این اظهارات گفت نبود هیچ تصویر، ویدیو یا دستخطی از رهبر جدید جمهوری اسلامی، روایت سلامت کامل او را با تردید روبهرو میکند و فرضیه مجروح شدنش را تقویت میکند.